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    兔脑原虫病并没有什么特征性的临床症状，所以只能通过病理性剖检来做出相对应的诊断。该病毒可通过胎盘传播，所以若是怀孕的母兔感染该病，那么幼兔很可能同样患病。患病的宠物兔会逐渐衰弱，体重减轻，出现尿毒症；严重者呈现神经症状，如惊厥、颤抖、斜颈、麻痹和昏迷。病兔常出现蛋白尿。病的末期出现下痢，后肢的被毛常被污染，引起局部湿疹，在 3～5天内死亡。

    病变特征为肉芽肿性脑炎和肉芽肿性肾炎。脑上分布有不规则的肉芽肿病灶，病灶的中心区坏死，周围有淋巴细胞和浆细胞等的浸润。非化脓性脑炎，特别是脑损害相邻区域的非化脓性脑膜炎是本病的特征之一。在肾脏表现有很多散乱的针尖状白点，或在皮质表现有小的灰色凹陷区。兔脑原虫寄生在宠物兔脑内而形成的一种慢性疾病就称之为脑原虫病。该病原体与微粒子虫属十分相似，但是生活方式与结构有着较大的不同，在分类上属微孢子虫纲、微孢子虫目、微粒子虫科.初步认为，本病的传染性单位是孢子原浆(sporoplasm)；其从孢子中释出的部位是极丝末端，孢子原浆进入宿主细胞后即进行增殖，并发育为孢子。随着孢子的成熟和分离，最后宿主细胞破裂，释出孢子，开始新的生活周期。

    本病主要通过传染性排泄物传播，也可通过胎盘传播。通常为阴性感染，在运输、气候变化或使用免疫抑制剂时就可出现临床症状。